Однак, поряд з такою типовою картиною, в деяких випадках ми зустрічаємо невеликі ухилення від неї, відмінною рисою яких є схильність паразита до проникнення в глибші шари стінки кишечника, а саме в субепітеліальний тканину. У Eimeria perforans, що паразитує нормально в епітелії тонких 'кишок кролика, при сильних інфекціях частина паразитів проникає в субепітеліальний сполучну тканину ворсинок. Такий спосіб розвитку стає вже постійним явищем у Eimeria sulepithelialis, спорогонія яких завжди відбувається в субепітеліальний тканини. Ті ж відносини можна бачити і в кокцидіями роду Isospora, що паразитують у кішок і собак. Iso-spora felis паразитує виключно в епітеліальних клітинах кишечника кішки і ніколи не проникає під епітелій. В іншої Кокцидії кішки, Isospora rivolta, при хронічних інфекціях можна іноді спостерігати ооцисти в субепітеліальний тканини кишечника.
